LigandBox (201710)

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LigandBoxは、計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベースです。それぞれの化合物は、水素原子を含む全原子の3次元座標と原子電荷の情報が含まれており、すぐにドッキング計算に使用できるようになっています。

LigandBox(LIGANDs Data Base Open and eXtensible)はJBICによって、分子シミュレーションシステムmyPrestoの一部として開発され,エネルギー・産業技術開発機構(NEDO)によって開発支援を受けています。類似化合物検索はプログラムkcombuを用いて行っています。

3次元構造データの作成は、ナミキ商事株式会社キシダ化学株式会社KEGG DRUGKEGG_COMPOUNDからいただいた2Dの化合物データをもとに行っています。 ナミキ商事株式会社キシダ化学株式会社の化合物は、それぞれの問い合わせページを利用して、購入を依頼することができます。

KEGG DRUGデータベースにはLigandBoxへのリンクが設けられており、「タミフル」など化合物の一般名や商品名で検索を行うことができます。

本データベースの3次元構造は、計算により生成されたものであり、試薬ベンダー等の保有する化合物と厳密には一致しない場合があります。


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HTS1710-02971158
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