LigandBoxは、計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベースです。それぞれの化合物は、水素原子を含む全原子の３次元座標と原子電荷の情報が含まれており、すぐにドッキング計算に使用できるようになっています。
LigandBox(LIGANDs Data Base Open and eXtensible)はJBICによって、分子シミュレーションシステムmyPrestoの一部として開発され,エネルギー・産業技術開発機構（NEDO）によって開発支援を受けています。類似化合物検索はプログラムkcombuを用いて行っています。
3次元構造データの作成は、ナミキ商事株式会社、キシダ化学株式会社、KEGG DRUG、 KEGG_COMPOUNDからいただいた2Dの化合物データをもとに行っています。 ナミキ商事株式会社とキシダ化学株式会社の化合物は、それぞれの問い合わせページを利用して、購入を依頼することができます。
KEGG DRUGデータベースにはLigandBoxへのリンクが設けられており、「タミフル」など化合物の一般名や商品名で検索を行うことができます。
本データベースの３次元構造は、計算により生成されたものであり、試薬ベンダー等の保有する化合物と厳密には一致しない場合があります。